תחילת ספר שמות דומה בתוכנה ובסגנונה לפתיחת ספר בראשית. הספר פותח בתיאור על עם ישראל שהוא פרה ורבה, עובדה המשתקפת בברכת הקב"ה לאדם הראשון ולבני נח: "פרו ורבו ומלאו את הארץ". תבת משה העשויה בחמר ובזפת השומרת על חיי משה ומגנה עליו ממי היאור, מזכירה לנו את תבת נח, אשר הצילה את נח ואת בני משפחתו מהמבול הרועש והגועש.
אמנם יש הבדל ניכר בין הספרים. ספר בראשית דן בעולם בכללו ובקוסמוס כולו. העולם נחרב ממי המבול ונוסד מחדש על ידי משפחת נח. לא כן ספר שמות, שהוא ספר שמתוארת בו הולדת האומה היהודית. בדומה לעולם שעמד בסכנה קיומית הרי היהודים גם היו במצוקה תחת גזרות שמד של המצרים, וכמעט נאבדו.
ספר בראשית פותח במשבר עולמי של יחסים אנטי-מוסריים בין אנשים – גזל, גילוי עריות שמוביל לידי שחיתות ואבדן העולם. ספר שמות פותח במשבר בין אומות. אומה יהודית המתגוררת במצרים ויש לה תרבות משלה ולשון משלה, העומדת בסכנה קיומית הבאה לה מפני האומה המצרית. במקרה זה הקב"ה אינו משמיד את האומה המצרית אלא מציל את העם היהודי.
בספר שמות מודגש המתח הקיים בגלות. האם יהודים החיים בצל אומה אחרת צריכים לחיות בתוכם במקומות נפרדים או להיות מעורבים? משנתו הסדורה של הנצי"ב היא שעם ישראל חייב לשמור על התבודדות ועל היבדלות וחלילה שלא להיטמע, שאם לא כן אפשר להגיע להתבוללות או לאנטישמיות. משנתו של הנצי"ב הובאה בפירושו על התורה על הפסוק: "וּבְנֵי יִשְׂרָאֵל פָּרוּ וַיִּשְׁרְצוּ וַיִּרְבּוּ וַיַּעַצְמוּ בִּמְאֹד מְאֹד וַתִּמָּלֵא הָאָרֶץ אֹתָם". הוא מסביר שבתחילה ביקשו יעקב ובניו לשבת בארץ גושן בנפרד, אולם במשך השנים החלו לשבת בכל ארץ מצרים; שאפו לגור בכל מקום. לדעתו זו סיבה לאנטישמיות – דווקא משום שאנו מנסים להיות מעורבים ביניהם ובתוכם. השראה לדבריו הוא מוצא בפסוק: "וַיִּשְׁכֹּן יִשְׂרָאֵל בֶּטַח בָּדָד עֵין יַעֲקֹב אֶל אֶרֶץ דָּגָן וְתִירוֹשׁ אַף שָׁמָיו יַעַרְפוּ טָל" (דברים לג, כח). וכן כשניסה בלעם לקלל את ישראל אמר: "הֶן עָם לְבָדָד יִשְׁכֹּן וּבַגּוֹיִם לֹא יִתְחַשָּׁב". ומסביר הנצי"ב: "כשאינו מתערב עם העם אשר בתוכו הוא יושב, ישכון במנוחה וכבוד… אך כאשר הוא רוצה להיות מעורב עמם לא יתחשב". כלומר דווקא הרצון להיטמע בין הגויים מעצים את ההתנגדות לעם היהודי. תכונת הבדידות אינה רק דרך חיים בגלות אלא גם בהווייתנו כמדינה. היטיב להדגיש זאת ד"ר יעקב הרצוג ז"ל, מיועציו המדיניים של דוד בן גוריון, שהיה שגרירנו בקנדה. הוא נשא נאום לפני 15 תאולוגים נוצרים ששלחה הממשלה האמריקנית למזרח התיכון לדווח על הצד הרוחני של העמים השונים. הדברים כתובים ומוזכרים בספרו החשוב "עם לבדד ישכון" וכך הוא מתאר את הדברים: "אין אנו חברים לא בנאט"ו, לא בברית-וורשה, לא בארגון אפריקה-אסיה, ולא בארגון המזרח התיכון, לא באיגוד המדינות המתפתחות. בכל מקום מקבלים אותנו בכבוד מלכים, אבל לא לתוך המשפחה. כמדינה, אנו דומים, לכאורה, ליהודי בגולה. היהודי בגולה, עם כל כספו, הוא נערץ. יעשו אותו נשיא כל ארגון. אבל, להזמינו ביום ראשון אחה"צ לבית – לא יזמינו. לקבל לתוך המשפחה – לא.כך, אנחנו גם בזירה הבינלאומית. לו היתה מדינת ישראל נופלת חלילה, אין עם אחר שהיה מרגיש בכך אבידה משפחתית. אין לך עם בעולם שיש לו דת אחת, ואין לך דת אחת בעולם, שיש לה עם אחד. אין לך עם אחד שלקיומו צריך להרהר, לא רק מה יהי עליו במלחמה, אלא, לא פחות מזה, מה יהיה עליו בשלום. כיצד יעמוד בשלום ממול עשרות המיליונים. האם יעמוד בפני הטמיעה. אין לך עם אחר שתלוי בקיומו בגולה, בתפוצות, והם תלויים בקיומם בו. אם כל הגולה האירית בעולם תחלוף מחר מן העולם, ברור שאירלנד תישאר. אבל מה יהיה חלילה על בית ישראל, אם היהודים בעולם לא יהיו? איך נעמוד".
אם כן, לדבריו בדידות עם ישראל מקבלת משנה תוקף גם בהיותו במדינה עצמאית. חשוב בימים אלו לזכור את מדיניות הנצי"ב שלא להיטמע בין הגויים ולהבין שהבדידות אינה רק בגולה אלא היא התכונה הלאומית שלנו. כל היהודים צריכים להבין שמקומם הטבעי הוא בארץ ישראל, וכך נבין שיש רגעים שאנחנו חייבים שלא להתחשב בגויים ולהאמין שעמידתנו היא נס, ואף על פי שאנו בבדידות זה סוד קיומנו.