פרשת ויחי חותמת בצוואת יוסף לאחיו : "וַיֹּאמֶר יוֹסֵף אֶל אֶחָיו אָנֹכִי מֵת וֵאלֹקִים פָּקֹד יִפְקֹד אֶתְכֶם וְהֶעֱלָה אֶתְכֶם מִן הָאָרֶץ הַזֹּאת אֶל הָאָרֶץ… וְהַעֲלִתֶם אֶת עַצְמֹתַי מִזֶּה". צוואת יוסף דומה לצוואת אביו יעקב: שניהם ביקשו שיקברו אותם לאחר מותם בארץ ישראל. אמנם יש הבדל גדול ביניהם; בעוד יעקב ציווה שהקבורה תהיה מיד לאחר פטירתו, הרי שיוסף ביקש שהעלאת העצמות תהיה בעת שייכנסו בני ישראל לארץ.
העלאת עצמות יוסף מוזכרת פעמיים במקרא. בפעם הראשונה בעת קריעת ים סוף: "וַיִּקַּח מֹשֶׁה אֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף עִמּוֹ כִּי הַשְׁבֵּעַ הִשְׁבִּיעַ…". בפעם השנייה בקבורת יהושע: "וְאֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף אֲשֶׁר הֶעֱלוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם קָבְרוּ בִשְׁכֶם" (יהושע כד, לב).
במדרש מצוין שלא רק עצמות יוסף הועלו אלא גם עצמות שאר השבטים: "ומניין אף עצמות של שבטים העלו עמו שנ' אתכם", ומסורת היא שכל שבט טרח להעלות עמו את ראש השבט שלו. רק יוסף הועלה על ידי משה, מנהיג ישראל, ולא על ידי נציג משבט יוסף. זאת ועוד, משה הוא בן שבט לוי, ומוטלת עליו חובה מיוחדת לכפר על חטא שבטו. "ויאמרו איש אל אחיו הנה בעל החלומות הלזה בא" (בראשית לז יט). לדעת חז"ל, אלו שמעון ולוי, "שנקראו אחים". לאחר כמה דורות כיפר משה, בן שבט לוי, על עוון המכירה והפילוג שהוביל לוי עם שמעון אחיו.
יציאת מצרים הושלמה בלקיחת העצמות, שכן לפי המדרש בזמן שראה הים את ארונו של יוסף, נבקע הים. לאחר מות משה המשיך את המשימה תלמידו ומחליפו יהושע, מצאצאי יוסף, לקח את העצמות, והן לבסוף הוטמנו בשכם. יוסף נלקח משכם ולשם הוחזר בסופו של דבר. ובלשון המדרש: "אמר הקדוש ברוך הוא לשבטים מכרתם את יוסף החזירו עצמותיו למקומן, ד"א אמר להם יוסף למקום שגנבתוני שם תחזירוני…".
שכם נמצאת בין הר גריזים להר עיבל, ושם ציווה הקב"ה להעמיד את האבנים ולקיים את טקס הברית בין ישראל לקב"ה, ובברית הזו – אומרים חז"ל (סוטה לז ע"ב) – נקבעה חובת הערבות ההדדית בין בני ישראל. זהו גם המקום שבו כרת יהושע ברית מחודשת בין העם לה' לפני מותו: ,וַיִּכְרֹת יְהוֹשֻׁעַ בְּרִית לָעָם… וַיָּשֶׂם לוֹ חֹק וּמִשְׁפָּט בִּשְׁכֶם" (יהושע כד, כה). לכן אך טבעי שהאחים יחזירוהו לאותו המקום שגרמו שיילקח משם. טבעי שבני ישראל יכרתו ברית של ערבות במקום שבעבר הייתה בו שנאה. קבורת יוסף אינה מתוארת בתחילת ספר יהושע אלא רק בסוף הספר; לאחר הברית, שבה נעשו הכול ערֵבים זה לזה, ולאחר שכל השבטים הגיעו לנחלתם – רק אז יכול יוסף לנוח בשלום על משכבו.
אמנם יהושע ניצח על המלאכה, אולם נוכל לדייק מתוך הכתובים שכל בני ישראל היו שותפים לכך: "וְאֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף אֲשֶׁר הֶעֱלוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם קָבְרוּ בִשְׁכֶם בְּחֶלְקַת הַשָּׂדֶה אֲשֶׁר קָנָה יַעֲקֹב מֵאֵת בְּנֵי חֲמוֹר אֲבִי שְׁכֶם בְּמֵאָה קְשִׂיטָה וַיִּהְיוּ לִבְנֵי יוֹסֵף לְנַחֲלָה". אפשר שלא במקרה נזכרה קבורת יוסף בסוף ספר יהושע אף שהדעת נותנת שקברו את עצמותיו מוקדם, עוד בחיי יהושע, לאחר שבני ישראל ירשו את נחלתם. בכתיבת מעשה הקבורה בסוף הספר יש משום סגירת מעגל: בספר בראשית מתוארת עזיבת הארץ וירידת בני יעקב למצרים, ובספר יהושע מתוארת שיבתם לאחר תקופה ארוכה. ושמא זאת כוונת חז"ל באמרם: "אלמלא (לא) חטאו ישראל לא ניתן להם אלא חמשה חומשי תורה וספר יהושע בלבד שערכה של ארץ ישראל הוא" (בבלי נדרים כב ע"ב). כלומר הספרים מתארים את הירידה מן הארץ ואת השיבה אליה, דהיינו את הגשמת החזון בברית בין הבתרים של "גר יהיה זרעך בארץ לא להם" ושל הבטחת "ודור רביעי ישובו הנה", וספר יהושע הוא מעין החומש השישי. ייתכן שלא בכדי נלקח יהושע משבט אפרים להנהיג ולהוביל את ישראל לאחר משה הלוי. יהושע אמור לסיים את המשימה, שכן מי יכול להתאים לכך יותר מצאצאו של יוסף, שהוריד את ישראל למצרים – יבואו מבני בניו ויחזירו את ישראל לאדמתם.