פרשתנו חותמת בצוואתי יוסף לאחיו: "וַיֹּאמֶר יוֹסֵף אֶל אֶחָיו אָנֹכִי מֵת וֵאלֹקִים פָּקֹד יִפְקֹד אֶתְכֶם וְהֶעֱלָה אֶתְכֶם מִן הָאָרֶץ הַזֹּאת אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר נִשְׁבַּע לְאַבְרָהָם לְיִצְחָק וּלְיַעֲקֹב: וַיַּשְׁבַּע יוֹסֵף אֶת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לֵאמֹר פָּקֹד יִפְקֹד אֱלֹהִים אֶתְכֶם וְהַעֲלִתֶם אֶת עַצְמֹתַי מִזֶּה". צוואתו של יוסף דומה לזו של אביו יעקב בטרם מותו. יעקב מזכיר את הבטחתו של הקדוש ברוך הוא לישראל שינחלו את הארץ, וכן ציווה את בניו שיעלוהו למקום קבורת אבותיו בחברון. כך גם יוסף מצווה את אחיו שיעלוהו לארץ ומזכיר להם את הבטחת הארץ. אמנם הבדל גדול ביניהם – בעוד יעקב מצווה שהקבורה תהיה מיד לאחר פטירתו, הרי שיוסף מבקש שהעלאת העצמות תהיה בעת שייכנסו בני ישראל לארץ.
שתי פעמים במקרא מוזכרות עצמות יוסף. בפעם הראשונה בקריעת ים סוף: "וַיִּקַּח מֹשֶׁה אֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף עִמּוֹ כִּי הַשְׁבֵּעַ הִשְׁבִּיעַ אֶת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל לֵאמֹר פָּקֹד יִפְקֹד אֱלֹהִים אֶתְכֶם וְהַעֲלִיתֶם אֶת עַצְמֹתַי מִזֶּה אִתְּכֶם", ו בפעם השנייה בקבורת יהושע: "וְאֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף אֲשֶׁר הֶעֱלוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם קָבְרוּ בִשְׁכֶם" (יהושע כד, לב).
במדרש מצוין שלא רק עצמותיו של יוסף הועלו אלא גם עצמות שאר השבטים: 'ומניין אף עצמות של שבטים העלו עמו שנ' אתכם'. ומסורת היא שכל שבט טרח להעלות עמו את עצמות ראש השבט שלו. רק יוסף הועלה בידי משה, מנהיגם של ישראל, ולא בידי נציג משבט יוסף. זאת ועוד, משה הוא משבט לוי ומוטלת עליו חובה מיוחדת לכפר על חטא שבטו. חז"ל דרשו: 'ויאמרו איש אל אחיו הנה בעל החלומות הלזה בא (בראשית לז יט), אלו שמעון ולוי שנקראו אחים' (פסיקתא זוטרתא [לקח טוב] בראשית פרק מט סימן ו). לאחר כמה דורות מכפר משה, בן שבט לוי, על עוון המכירה והפילוג שהוביל לוי עם שמעון אחיו.
יציאת מצרים הושלמה בלקיחת העצמות, שכן הים נבקע כשראה את ארונו של יוסף. לאחר מותו של משה, תלמידו ומחליפו יהושע, מצאצאי יוסף, ממשיך את המשימה ולוקח את העצמות שלבסוף מוטמנות בשכם. יוסף נלקח משכם, ולשם הוא הוחזר בסופו של דבר: 'אמר הקדוש ברוך הוא לשבטים מכרתם את יוסף החזירו עצמותיו למקומן, ד"א אמר להם יוסף למקום שגנבתוני שם תחזירוני, הלוא אחיך רועים בשכם כן עשו בני ישראל שנאמר (יהושע כד) ואת עצמות יוסף אשר העלו בני ישראל ממצרים קברו בשכם'.
שכם שוכנת בין הר גריזים להר עיבל, ושם מצווה הקדוש ברוך הוא להעמיד את האבנים ולקיים את טקס הברית בין ישראל לקדוש ברוך הוא. בברית הזו, אומרים חז"ל (סוטה לז ע"ב), נקבעה חובת הערבות ההדדית בין בני ישראל. זהו גם המקום שבו כורת יהושע ברית מחודשת בין העם לה' לפני מותו: 'וַיִּכְרֹת יְהוֹשֻׁעַ בְּרִית לָעָם… וַיָּשֶׂם לוֹ חֹק וּמִשְׁפָּט בִּשְׁכֶם' (יהושע כד, כה). לכן טבעי שהאחים יחזירוהו לאותו מקום שגרמו שיילקח משם. מסיבה זו קבורת יוסף אינה מתוארת בתחילת ספר יהושע אלא רק בסוף הספר. לאחר הברית שבה כולם נעשים ערֵבים זה לזה, ולאחר שכל השבטים הגיעו לנחלתם, רק אז יכול יוסף לנוח בשלום על משכבו. כדי לסיים את הגלות צריך לקחת את עצמות יוסף ולהביאם לארץ ישראל, לאותו המקום שבו התפלגו האחים, אחרי ההבנה שלכל השבטים בעם ישראל יש ייעוד, תפקיד ונחלה מיוחדים.
אמנם יהושע ניצח על המלאכה אולם אפשר לדייק מתוך הכתובים שכל בני ישראל היו שותפים: "וְאֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף אֲשֶׁר הֶעֱלוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם קָבְרוּ בִשְׁכֶם בְּחֶלְקַת הַשָּׂדֶה אֲשֶׁר קָנָה יַעֲקֹב מֵאֵת בְּנֵי חֲמוֹר אֲבִי שְׁכֶם בְּמֵאָה קְשִׂיטָה וַיִּהְיוּ לִבְנֵי יוֹסֵף לְנַחֲלָה". אפשר שאין זה מקרה שקבורת יוסף נזכרה בסוף ספר יהושע, אף שהדעת נותנת שקברו את עצמותיו מוקדם יותר, עוד בחיי יהושע, לאחר שבני ישראל קיבלו את נחלתם.
בכתיבת מעשה הקבורה בסוף הספר יש משום סגירת מעגל. ספר בראשית מתאר את עזיבת הארץ והירידה של בני יעקב למצרים; ספר יהושע מתאר את שיבתם לאחר תקופה ארוכה. ספר בראשית מסתיים בירידה למצרים בעטיו של יוסף; ספר יהושע מסתיים בשיבה אל הארץ, בכיבושה ובקבורת יוסף בה. ושמא זאת כוונת חז"ל באמרם: 'אלמלא (לא) חטאו ישראל לא ניתן להם אלא חמשה חומשי תורה וספר יהושע בלבד שערכה של ארץ ישראל הוא' (בבלי נדרים כב ע"ב). כלומר הספרים המתארים את הירידה מן הארץ ואת השיבה אליה, את הגשמת החזון בברית בין הבתרים של 'גר יהיה זרעך בארץ לא להם' ושל ההבטחה 'ודור רביעי ישובו הנה'.
ייתכן שלא בכדי נלקח יהושע משבט אפרים להנהיג ולהוביל את ישראל לאחר משה הלוי. יהושע אמור לסיים את המשימה – אבי שבטו הורידו למצרים, אפרים נולד שם, ובן שבטו עתיד להחזיר את ישראל.