אנו נוהגים ליטול את ארבעת המינים באגודה אחת. שורש מנהג זה במחלוקת בין רבי יהודה לחכמים: רבי יהודה סבור שיש חובה לאגוד את הלולב עם שאר המינים – ואם לא אגד לא יצא ידי חובה; חכמים חולקים על רבי יהודה – לדעתם האגודה אינה מעכבת – אולם יש להדר ולאגוד לכתחילה את המינים משום "זה א-לי ואנוהו" (סוכה יא ע"ב). להלכה פוסק השולחן ערוך (תרנא, א) שלכתחילה יש לאגוד את הלולב, אולם אין זה לעיכובא. כיום המנהג הוא שלוקחים מין נרתיק שארוג מעליו של הלולב (קוישעלך), והמהדרים קושרים את המינים קשר כפול. אולם כולי עלמא סבורים שהאתרוג אינו כלול באגודה אלא ניטל ביד השנייה, ומכאן זועקת השאלה: היכן האתרוג? האם אינו זקוק להיות עם ארבעת המינים? מדוע אין אנו מאחדים אותו עם המינים, ומדוע איננו מברכים 'על נטילת אתרוג'?
באשר לשאלת הברכה, בגמרא בסוכה (לו ע"ב) נכתב שהלולב הוא גבוה מכל המינים ולכן הברכה מתייחסת אליו. אולם מדוע שלא נאגוד גם את האתרוג? וכי אנשים שבידם מעשים טובים ותורה – לא מן הראוי שיהיו יחד עם כל המינים כולם? אכן השולחן ערוך (תרנא,יא) פוסק: "צריך לחבר האתרוג ללולב בשעת נענועו ולנענע בשניהם יחד", ומעיר המשנה ברורה שהחידוש בדברי השולחן ערוך הוא שאף על פי שאין האתרוג אגוד עם הלולב, בכל זאת צריך לחברו עם האגודה. בבית יוסף מופיע הסבר מדהים לאי-הכללת האתרוג באגודה:
דבר זה לא נתבאר בגמרא ולא בדברי הפוסקים אבל ה"ר מנחם מרקנ"ט כתב בפרשת אמור (ד"ה ולקחתם) צריך לסמוך האתרוג עם שאר המינים שלא להפרידה מן הבנין, וסוד זה נגלה אלי בחלום בליל יום טוב הראשון של חג הסוכות בהתאכסן אצלי חסיד אחד אשכנזי שמו הרב ר' יצחק. ראיתי בחלום שהיה כותב השם ביו"ד ה"א והיה מרחיק הה"א אחרונה מן השלש אותיות הראשונות ואמרתי לו מה זה עשית? והשיב כך נוהגים במקומנו. ואני מחיתי בו וכתבתי אותו שלם ואשתומם על המראה ואין מבין. למחר בעת נטילת לולב ראיתי, שלא היה מנענע רק הלולב ומיניו בלא אתרוג והבנתי פתרון חלומי וחזר בו ורז"ל רמזו סוד זה בוויקרא רבה (פר' אמור ל ט) אמר[ו] שם פרי עץ הדר (ויקרא כג מ) זה הקדוש ברוך הוא שנאמר (תהלים צו, ו, דה"א טז כז) הוד והדר לפניו, כפות תמרים זה הקדוש ברוך הוא שנאמר (תהלים צב, יג) צדיק כתמר יפרח, וענף עץ עבות זה הקדוש ברוך הוא שנאמר (זכרי' א, ח) והוא עומד בין ההדסים, וערבי נחל זה הקדוש ברוך הוא שנאמר (תהלים סח, ה) סולו לרוכב בערבות תראה שכל המינים האלו רומזים בשם יתברך.
ארבעת המינים מייצגים את האחדות ואת הערבות ההדדית; כל מין מייצג קבוצה בעם ישראל כמתואר במדרש ויקרא רבה (ל, יב). לכאורה נכון שכל אחד יהיה באגודה – וכי תלמידי חכמים שגם צדיקים במעשיהם אין מקומם באגודה? המשל בבית יוסף שופך אור על טיבה של אחדות. היה מי שהפריד את האתרוג משאר המינים, ובמעשה זה שיקף את נטיית האתרוג להתבודד, להיות עם עצמו ועם שכמותו, וחס ושלום שלא להתחכך עם המינים האחרים אשר עשויים לפגום בו, ללכלך אותו או לשרוט אותו. אמנם האתרוג עושה זאת רק לשם שמים, רוצה לעלות במעלות רוחניות, אולם מחיר ההסתגרות גבוה מדי. כאשר האתרוג מסתגר ואינו מתערב עם האחרים זו סכנה מוחשית לכלל ישראל, בכך הוא מוחק אות משמו של הקב"ה – כפי שמתואר בדבריו של הבית יוסף.
יום הכיפורים הוא יום שבו כל אדם עובר תהליך התקדשות אישי. אף שפתחנו את יום הכפורים בפנייה לכל יהודי ובהסכמה לכלול בנו אף את העבריינים, ואף שהתפללנו במניין ברוב עם והדרת מלך, כל אחד במהלך היום מתכנס עם עצמו ועורך חשבון נפש פרטי. מיד לאחר יום הכיפורים אנו נכנסים אל חג הסוכות, אל שיאו של התהליך. אנו עוברים ממצב של צדיקים, קדושים וטהורים, למצב גבוה יותר של אחדות של שבטי ישראל על גווניהם השונים. חג הסוכות מכניס את כלל ישראל לסוכה אחת בלא הבחנה בין הקבוצות. כולנו בליל של קטורת שכל הסמנים מצויים בה. האתרוג נוטה להסתגר להיות עם עצמו או עם חבריו הדומים. המסר של נטילת לולב הוא שאף על פי שיש נטייה לאתרוג להתבודד, יש לקחתו ביד השנייה וליצור כל חיבור שהוא לכלל הקבוצות. יש לעשות מאמץ גדול כדי לחבר את כולם, ואף אחד אינו פטור מכך, כולל הצדיקים הגדולים ובעלי מעשים טובים – שכן: "במקהלות ברכו את ה'".