הגרעין התחיל את פעילותו בשנת 2012 תשע"ג.
הגרעין נפתח על מנת לתת מענה לבנות המעוניינות לשלב בין עולמן התורני בבית המדרש לבין שירות משמעותי בצה"ל לאחר סיום שנת המדרשה. הגרעין מכווין את הבנות לתפקידים מגוונים במסגרות מתאימות לבנות דתיות. כמו כן בית המדרש שומר על קשר עם הבנות במהלך שירותן הצבאי, כולל ביקורים ושבתות משותפות.
לפני שירותן הצבאי, במהלך שנת המדרשה, בנות הגרעין עוברות הכנה רוחנית ומנטלית כחלק מהתוכנית, על מנת להכין אותן לאתגרים השונים שמזמן השירות הצבאי וכן לעזור להן להתמודד איתם בהצלחה.
ישנם מפגשי גרעין, בהן הבנות דנות על סוגיות שונות ומגוונות שהן עתידות להיפגש איתן במהלך השירות, השיח הקיים הינו פתוח ומאפשר להעלות חששות ראשוניות ולבטים,
וניתן בו מענה, הכוונה, מיקוד ואוזן קשבת.
השנה כ35 בנות מבית המדרש מתגייסות דרך הגרעין.
חנה רובנשטיין (לומדת בתוכנית המתקדמת של בית המדרש) ודינה נגר (רמ"ית של קבוצת ה'לפני') אחראיות על הגרעין מהשנה הראשונה לפעולתו.
במהלך שירותן הצבאי של הבנות יש להן 3 שבתות בשנה בבית המדרש, וביקור חודשי של כל בת בבסיס שבו היא מוצבת. בנוסף הגרעין נוהג לבקר גם את בנות השירות הלאומי.