בסיפור העקדה בולט חסרונה של שרה. אברהם בצאתו להר המוריה אינו מדבר עם שרה, וייתכן ששרה אינה יודעת על מטרת הליכתם המשותפת של אברהם ויצחק. חז"ל היו משוכנעים ששרה אינה מעורבת בניסיון העקדה וכך תיארו את פרדת אברהם משרה:
וירא את המקום מרחוק אמר אברהם, מה אעשה אם אגלה לשרה, נשים דעתן קלה עליהן בדבר קטן כ"ש בדבר גדול כזה, ואם לא אגלה לה ואגבנו ממנה בעת שלא תראה אותו תהרוג את עצמה, מה עשה? אמר לשרה תקנו לנו מאכל ומשתה ונאכל ונשמח… כשהיו בתוך המאכל אמר לה את יודעת כשאני בן ג' שנים הכרתי את בוראי והנער הזה גדול ולא נחנך ויש מקום אחד רחוק ממנו מעט ששם מחנכין את הנערים אקחנו ואחנכנו שם, אמרה לו לך לשלום… (תנחומא וירא, כב).
חז"ל חוזרים ומתארים דו-שיח בין יצחק לשרה לאחר שיבתו מהר המוריה:
אמרה לו בני מה עשה לך אביך, אמר לה נטלני אבי והעלני הרים והורידני בקעות והעלני לראש הר אחד ובנה מזבח וסדר המערכה והעריך את העצים ועקד אותי על גבי המזבח ולקח את הסכין לשחטני ואלולי שאמר לו הקב"ה אל תשלח ידך אל הנער כבר הייתי נשחט, לא הספיק לגמור את הדבר עד שיצאה נשמתה – ויבא אברהם לספוד לשרה ולבכותה מהיכן בא מהר המוריה (שם, כג).
אם כן, שרה הייתה מופתעת מסיפורו של יצחק, ובשמעה את הדברים פרחה נשמתה. זאת ועוד סיפור זה חושף בבירור ששרה אינה מעורבת כלל בניסיון העקדה. במקביל, לאחר העקדה נעלם יצחק נעלם ולא שב עם אברהם. הכתוב מתאר שאברהם חוזר אל נעריו בלשון יחיד: "וישב אברהם אל נעריו". לא ברור להיכן נעלם יצחק. אמנם חז"ל סבורים שיצחק הלך להתחזק בבית מדרשו של שם, אבל ככל הנראה לא מדובר בפסק זמן או בהתחזקות רוחנית אלא במעשה המבטא ניתוק קשר שבין יצחק לאברהם. אם נחבר את שני המדרשים נקבל תמונה קשה על המשפחה: שרה הלכה לעולמה ויצחק נפרד מאביו, וכל זה התרחש מחמת העקדה.
לכאורה שרה אמורה להיות שותפה מלאה לסיפור העקדה, שכן אברהם הוא אבא של ישמעאל ויצחק, ושרה היא אמו של יצחק והוא בנה יחידה – וסביר שיש בניהם קשר מיוחד. הכתובים מתעלמים ממעורבות שרה הן בתחילת הניסיון, שאינה מוזכרת כלל, הן בסופו. לאחר שובו מהר המוריה אברהם לא מספיק להיפגש עם שרה בחייה ולשתף אותה במה שאירע. זאת ועוד יצחק השתנה בעקבות מעשה העקדה. הנצי"ב סבור שיצחק נשאר בגדר מלאך ולא חזר לחיים רגילים וארציים. חז"ל אף תלו את ראייתו הלקויה של יצחק – 'ותכהין עיניו מראות' מהאירוע הטראומטי של העקדה, שדמעות מלאכי השרת נשרו על עיניו של יצחק. אם כן, שרה נפגעה מניסיון העקדה פגיעה ישירה; היא לא קיבלה בחזרה את אותו יצחק, בנה האהוב. גם אם פגשה את יצחק לאחר העקדה היא נשברה למראה מצבו העכשווי, וכפי שמתואר בחז"ל – פרחה נשמתה.
סיפור העקדה היה ניסיון קשה בעבור אברהם. מצד אחד הוא העמיד את אברהם מול הקב"ה, אבל מצד אחר מתברר שהניסיון אינו תם ושהשלכותיו קשות, שכן בעטיו התנתקו היחסים שבין אברהם לבנו יצחק. שרה הייתה משמעותית וחשובה ליצחק, והיעלמותה מן העולם כאבה ליצחק. בפרשת חיי שרה מתוארת בדידות אברהם. הליך קבורת שרה מתבצע בידי אברהם לבדו, שידוכי יצחק נעשים באמצעות המתווך הנאמן אליעזר. אברהם היה זקוק להפגת בדידותו, נשא את קטורה לאישה, והקים משפחה נוספת – הוליד שישה ילדים. הוא אמנם הוריש את רכושו ליצחק אולם נראה שמדובר במעשה טכני: "וַיִּתֵּן אַבְרָהָם אֶת כָּל אֲשֶׁר לוֹ לְיִצְחָק" – ולא נאמר ליצחק בנו. וכאשר נפטר בכתוב מתואר: "ויִּגְוַע וַיָּמָת אַבְרָהָם בְּשֵׂיבָה טוֹבָה זָקֵן וְשָׂבֵעַ וַיֵּאָסֶף אֶל עַמָּיו וַיִּקְבְּרוּ אֹתוֹ יִצְחָק וְיִשְׁמָעֵאל בָּנָיו אֶל מְעָרַת הַמַּכְפֵּלָה אֶל שְׂדֵה עֶפְרֹן בֶּן צֹחַר הַחִתִּי אֲשֶׁר עַל פְּנֵי מַמְרֵא". לא מצוין כל בכי או הספד ברחובה של עיר אלא פרדה קצרה מאברהם האב.
ניסיון העקדה לא תם בהקרבת האייל על המזבח– הניסיון מתמשך במות שרה ובהתרחקות יצחק. בפרשת חיי שרה מתוארים חיי אברהם לאחר מותה הכואב של אשתו, ושמא זו תקופתו הקשה ביותר של אברהם – חיים בלא אישה ובלא יצחק.