בסיום הפרשה העוסקת בזכירת יציאת מצרים מובא הפסוק: "וְהָיָה לְךָ לְאוֹת עַל יָדְךָ וּלְזִכָּרוֹן בֵּין עֵינֶיךָ לְמַעַן תִּהְיֶה תּוֹרַת יְקֹוָק בְּפִיךָ כִּי בְּיָד חֲזָקָה הוֹצִאֲךָ יְקֹוָק מִמִּצְרָיִם" (שמות יג,ט).
הפרשנים נחלקו מה כוונת הפסוק. הרשב"ם, שהיה אחד מגדולי פרשני הפשט, רואה בפסוק זה מטאפורה, דהיינו שלא מדובר במעשה קונקרטי אלא שהפסוקים מבטאים את הצורך בזכירת מצרים באופן תמידי, ובלשונו: 'לפי עומק פשוטו יהיה לך לזכרון תמיד כאילו כתוב על ידך. כעין שימני כחותם על לבך בין עיניך – כעין תכשיט ורביד זהב שרגילין ליתן על המצח לנוי'. הפסוק מתאר את עומק הקשר עם הקב"ה כאילו שהוא כתוב על היד. הפסוק אינו תובע מאתנו סימן קונקרטי ומוחשי.
רבים מן הפרשנים חלקו על תפיסת הרשב"ם, וסברו שהפסוק דורש שפרשיות יציאת מצרים תהיינה מצויות על היד ועל הראש באמצעות הנחת תפילין של יד ושל ראש. ובלשונו של רש"י: 'והיה לך לאות – יציאת מצרים תהיה לך לאות על ידך ולזכרון בין עיניך – שתכתוב פרשיות הללו ותקשרם בראש ובזרוע'. אפשר לחבר בין הפשט לדרש ולהצביע על שתי משמעויות בתפילין. האחת היא האות האישי והאינטימי של קבלת עול מלכות שמים ועול מצוות, והאחרת היא בהיבט הלאומי; לזכור את יציאת מצרים.
הבחנה זו באה לידי ביטוי בהבדל הניסוחי שבין תפילין של יד לשל ראש. בעוד בתפילין של יד נאמר: 'לאות על ידך' – האות הוא שלך האינטימי, בתפילין של ראש נאמר: "וְרָאוּ כָּל עַמֵּי הָאָרֶץ כִּי שֵׁם יְקֹוָק נִקְרָא עָלֶיךָ וְיָרְאוּ מִמֶּךָּ". המחויבות שלנו היא להראות לעולם את ידו החזקה של הקב"ה. ההבחנה הזו באה לידי ביטוי בסיפור הפלא המובא במסכת שבת מט ע"א על אלישע בעל הכנפיים:
אמר רבי ינאי: תפילין צריכין גוף נקי כאלישע בעל כנפים… ואמאי (מדוע) קרי ליה (נקרא) בעל כנפיים? שפעם אחת גזרה מלכות רומי הרשעה גזירה על ישראל, שכל המניח תפילין ינקרו את מוחו. והיה אלישע מניחם ויוצא לשוק. ראהו קסדור אחד – רץ מפניו, ורץ אחריו. וכיון שהגיע אצלו נטלן מראשו ואחזן בידו, אמר לו: מה זה בידך? אמר לו: כנפי יונה. פשט את ידו ונמצאו כנפי יונה. לפיכך קורין אותו אלישע בעל כנפיים. ומאי שנא (מה שונה) כנפי יונה משאר עופות? משום דאמתיל (שנמשלה) כנסת ישראל ליונה, שנאמר: 'כנפי יונה נחפה בכסף'. מה יונה כנפיה מגִנות עליה – אף ישראל מצות מגִנות עליהן.
הרב קוק בעין אי"ה מסביר את הזיקה שבין פתיחת הסוגיה לחתימתה. הסוגיה פותחת בתנאי בסיסי להנחת תפילין, דהיינו שגופו של אדם יהיה נקי בזמן שתפילין מונחות עליו. בהמשך מביאה את סיפור הנס של אלישע בעל הכנפיים. לדעת הרב קוק הצורך בגוף נקי בתפילין פירושו שלאדם יהיה מוסר טבעי, שכן בזמן שיבקש לעשות טוב יוכל להתרומם מעלה באמצעות כנפיו. וכך כותב הרב:
מי יוכל לעלות אל הר ה' להתייחד במוסר הנשגב והעליון והנרצה על פי הקדושה העליונה המכוונת בתפילין, רק מי שגופו נקי, שהמוסר הטבעי כבר קנוי לו כראוי, ולא הפסידו במעשים רעים ומידות עכורות ורעות, שהן תועבה לאדם שלם מצד צורתו האנושית. כיון שהמוסר הטבעי, המוסר הגופני נכבש לפניו, צריך הוא בתור אדם מישראל, העומד להיות שם ה' נקרא עליו להתעלות במוסר העליון… ההקדמה של המוסר הגופני והטבעי הקדום בזמן, יהיה גוף נקי ובעל תפילין יהיה לבעל כנפים.
במילים אחרות, התפילין מאפשרות לאדם כנפיים שבאמצעותן הוא מגביה עוף ומתרומם לגובה של קדושה עליונה. התפילין מביאות את האדם ממוסר טבעי פשוט לדרגה גבוהה של קדושה.
אם כן, הנחת תפילין יש בה את הפן הלאומי את הדגל הלאומי של עם ישראל, ושתי הפנים האלה שומרות על היהודי אף בשעת גזרות, ויעיד על כך אלישע בעל הכנפיים. ואולם לתפילין תפקיד נוסף – לסלול בעבורנו דרך של קדושה והתעלות, ובעת הצורך הן שומרות על האדם ועל זהותו בדיוק כמו שכנפי יונה שומרות עליו. התפילין מחייבות את האדם להתנהל באמות מידה מוסריות גבוהות, ועם זאת הן משמשות לאדם מקלט רוחני בעת קשיים דווקא בשל סמלן הלאומי. אל לא לאדם לסמוך רק על מוסרו הטבעי אלא עליו להיאחז בכוח הכלל, ורק כך יוכל להגביה עוף כיונה בעלת כנפיים.