עוד בטרם הגיע משה למצרים ידע על אפשרות שמכת בכורות תכה במצרים. זאת ועוד, היא תכה באופן ישיר וכואב במשפחת פרעה ותפגע בבנו הבכור: "וַיֹּאמֶר ה' אֶל מֹשֶׁה בְּלֶכְתְּךָ לָשׁוּב מִצְרַיְמָה רְאֵה כָּל הַמֹּפְתִים אֲשֶׁר שַׂמְתִּי בְיָדֶךָ וַעֲשִׂיתָם לִפְנֵי פַרְעֹה וַאֲנִי אֲחַזֵּק אֶת לִבּוֹ וְלֹא יְשַׁלַּח אֶת הָעָם וְאָמַרְתָּ אֶל פַּרְעֹה כֹּה אָמַר ה' בְּנִי בְכֹרִי יִשְׂרָאֵל וָאֹמַר אֵלֶיךָ שַׁלַּח אֶת בְּנִי וְיַעַבְדֵנִי וַתְּמָאֵן לְשַׁלְּחוֹ הִנֵּה אָנֹכִי הֹרֵג אֶת בִּנְךָ בְּכֹרֶךָ" (שמות ד, כא – כג).
אזכורה של מכה זו בתחילת ההתגלות למשה מלמדת שיש תפקיד ייחודי למכת בכורות. כדי להגדיר את המטרה שבמכה זו, עלינו לברר מה מטרתן של המכות האחרות. בעיון בפסוקים הקודמים אנו מוצאים שתפקיד המכות להביא את המצרים להכרה ואמונה בכוחו של אלוקים: "וְיָדְעוּ מִצְרַיִם כִּי אֲנִי ה' בִּנְטֹתִי אֶת יָדִי עַל מִצְרָיִם וְהוֹצֵאתִי אֶת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מִתּוֹכָם". ובמקום אחר: "כִּי בַּפַּעַם הַזֹּאת אֲנִי שֹׁלֵחַ אֶת כָּל מַגֵּפֹתַי אֶל לִבְּךָ וּבַעֲבָדֶיךָ וּבְעַמֶּךָ בַּעֲבוּר תֵּדַע כִּי אֵין כָּמֹנִי בְּכָל הָאָרֶץ". ומסביר הרמב"ן: "ולכן יאמר הכתוב במופתים למען תדע כי אני ה' בקרב הארץ (לעיל ח יח), להורות על ההשגחה, כי לא עזב אותה למקרים כדעתם. ואמר (שם ט כט) למען תדע כי לה' הארץ, להורות על החידוש, כי הם שלו שבראם מאין ואמר (שם ט יד) בעבור תדע כי אין כמוני בכל הארץ. להורות על היכולת, שהוא שליט בכל, אין מעכב בידו, כי בכל זה היו המצריים מכחישים או מסתפקים" (רמב"ן על שמות יג, א).
המכות הינן שיעור באמונה לפרעה ולצאן מרעיתו. התכחשותו של פרעה לאלוקים גורמת לבואן של מכות שילמדו אותו בדרך הקשה שה' הוא האלוקים.
מכת בכורות שונה מקודמותיה. כפי שהודגש לעיל, היא מוזכרת עוד בתחילת שליחותו של משה. נוסף על כך הניסוח שלה שונה משאר המכות. בעוד מטרת המכות להביא להכרה שה' הוא האלוקים הרי שתפקידה המרכזי של מכת בכורות היא פגיעה בפרעה עצמו: "עוֹד נֶגַע אֶחָד אָבִיא עַל פַּרְעֹה וְעַל מִצְרַיִם". ומסביר הספורנו: "כפי המשפט האלוקי שהוא מדה כנגד מדה כאמרו: וכארח איש ימציאנו', כי אמנם מכת בכורות לבדה היתה משפט עונש לפרעה מכל המכות אבל שאר המכות היו לאות ולמופת למען ישובו, כי לא יחפוץ במות המת, כי לא נעל בפניהם דרכי תשובה אמיתית כלל."
לאחר תום שיעורי האמונה לפרעה ולעבדיו הגיע הזמן להעניש. הקב"ה מכה את פרעה מידה כנגד מידה – מי שפוגע בבנו הבכור של הקב"ה סופו שייפגעו בכוריו. זאת ועוד, נראה שישראל נדרשו להתכונן לקראת מכת בכורות יותר מלכל המכות האחרות. הם נתבעו לעשות מעשים שימנעו מהמשחית לבוא לתוכם. וכבר תמה על אברבנאל בצדק: "ומאמר 'וראיתי את הדם ופסחתי' מורה שאם לא יראהו – יהיה בהם נגף ואיך יתכן זה? כי הנה המצרים היו ראויים לנגף ההוא מפני מה שהרעו לישראל, אבל ישראל למה יומת מה עשה? ואם היתה המכה ההיא בהשגחה איך יכללו בה כצדיק כרשע, והלוא בשאר המכות שהיו על ידי אמצעיים הפלה ה' בין ישראל ובין מצרים, ולא נענשו עמהם ולא שמו אות בבתיהם ולמה אם כן במכה זו היתה הפלאה בתנאי אות דם על הבתים בהיות פועל בה הוא היודע ועד?"
נראה שלמכת בכורות ישנה מטרה כפולה: לא רק פגיעה בפרעה, אלא אף הכתרתו של עם ישראל כבנו הבכור של הקב"ה. לכן נדרשו ישראל להתמסר ולפעול בעצמם – להשיג את ייעודם כממלכת כוהנים וגוי קדוש. זו ייחודה של מכת בכורות, שמצד אחד היא הורגת את בכורות מצרים כעונש למצרים ומצד אחר תפקידה להציל את בכורות ישראל בעודם משתדלים במצוות, ובמיוחד בעשיית קרבן הפסח – שיש בו מעשה פעיל. נקודה זו מושרשת מדי יום בתוך התפילה רגע אחד לפני עמידתנו לפני הקב"ה בתפילת הלחש:
כל בכוריהם הרגת ובכורך ישראל גאלת.