הלימודים הסדירים בבית המדרש מתקיימים בכל יום (מלבד יום שישי) החל בשעה 8:30 בבוקר וכלה בשעה 22:30 בערב.
הבנות שוהות בתנאי פנימייה מלאים הכוללים מגורים ושלוש ארוחות ביום.
כמו כן, התלמידות נמצאות בבית המדרש בכל שבת שנייה ובחלק מהחגים (שמחת תורה, פורים ושבועות).
בימים אלו מתקיימת פעילות חינוכית מגוונת.
בבית המדרש שני מסלולי לימוד מרכזיים:
א. מסלול שנתי למתחילות – בנות בוגרות תיכון ושירות לאומי (בגילי 20-18). במסלול זה משולבות באופן אינטגרטיבי בנות המגיעות מחו"ל, בעיקר מארצות דוברות אנגלית.
ב. מסלול לימודים מתקדם לבנות בעלות רקע בלימודי קודש (רובן בוגרות המסלול השנתי) [גילי 25-21] בין שנה לשלוש שנים.
מבנה היום בבית המדרש:
7:30-6:45 – שיעור 'דף יומי' למעוניינות
8:30-7:30 – תפילת שחרית וארוחת בוקר
12:45-8:30 – סדר בוקר
14:45-12:45- ארוחת צהריים והפסקת צהריים
15:00-14:45- תפילת מנחה
19:30-15:00- שיעורי אחר הצהריים
20:30-19:30- ארוחת ערב
22:30-20:30- סדר ערב
22:30 – חוגים למעוניינות
סדר בוקר
שלושה בקרים בשבוע מיועדים ללימודי גמרא בעיון, במתכונת של סדרים הכוללים לימוד בחברותא בבית המדרש ושיעורים הניתנים על ידי הר"מים. העיסוק בסוגיית הגמרא ראשיתו בפסוק, המשכו דרך המשנה, הגמרא ומסורת התורה שבעל פה, וסיומו בדבריהם של האחרונים ובפסק ההלכה.
מאמץ רב מושקע בהקניית כלים בלימוד גמרא – רכישת השפה ארמית ופיתוח מיומנויות למידה אשר יאפשרו ללומדת להמשיך וללמוד באופן עצמאי גם לאחר צאתה מבית המדרש.
שני הבקרים הנוספים מיועדים ללימוד תנ"ך, בשיעורים ובלימוד עצמי מונחה. השיעורים עוסקים בפרשת השבוע, בלימוד ספרי נבואה, בעיסוק בפשט ובפרשנות, ובתוכנית בקיאות תנ"ך שבה התלמידות לומדות את התנ"ך כולו בבקיאות, עם הנחיה הכוללת הבהרת המבנים והמסרים של ספרי התנ"ך השונים.
שיעורי אחר הצהריים
מערכת שיעורי אחר הצהריים כוללת מבחר שיעורים בגמרא, הלכה, תנ"ך, מחשבת ישראל וחסידות.
השיעורים מגוונים באופיים: חלקם דורשים הכנה מראש, חלקם בעלי אופי פרונטלי וחלקם סדנאיים ונדרשת בהם השתתפות פעילה של הלומדות. כל לומדת בונה את מערכת השיעורים שלה על פי רצונותיה ולפי האיזונים המתאימים לה, ביחס שבין השתתפות בשיעורים ללימוד עצמי או בחברותא בבית המדרש.
סדר ערב
הלומדות בוחרות באחת משתי התכניות הנלמדות בסדר ערב: בקיאות גמרא ובקיאות מחשבה (אמונת ישראל לדורותיה). בכל אחת מהתכניות לומדות הבנות בחברותא במשך חמישה ערבים, ואחת לשבוע ניתן שיעור המסכם את הלימוד שהיה, ומנחה את המשך הלמידה.
בתוכנית בקיאות גמרא הבנות לומדות ומסיימות מסכת אחרת בכל שנה. בתוכנית מפתחות הבנות את היכולת לקרוא ולהבין את פשט הגמרא ואת הארמית באופן שוטף, ובשיעור המסכם מעמיקים באחד הנושאים שנלמדו בבקיאות.
בתכנית בקיאות מחשבה הבנות לומדות את עיקרי המחשבה היהודית כפי שנכתבה מימי הגאונים ועד להוגי זמננו. השיעור המסכם מחולק לשני חלקים: בחלק הראשון לומדים על ההוגה ועל עיקרי תפיסותיו, והחלק השני הוא סדנה היוצרת את ההשקה בין התפיסה המחשבתית והאמונית שנלמדה לעולם הדתי ולעבודת ה' של הלומדות, במאה ה-21.