פרשתנו מתארת שתי תלונות של עם ישראל בשעת צימאונם למים. בעוד שלאחר התלונה הראשונה מקבלים הם את מבוקשם, הרי, שבעקבות ההתרסה שאופיינה בתלונה השנייה העם ננשך על ידי נחשים. תהליך הריפוי של העם היה בהתבוננות בנחש הנחושת, שעמד על מוט גבוה, בנחשים לקו ובנחשים התרפאו. מדוע בחר הקב"ה, שהרפואה תתבצע דווקא באמצעות נחש נחושת?! הרמב"ן מסביר שיש כאן נס בתוך נס וכך הוא כותב:
"והנראה בעיני בסוד הדבר הזה, כי הוא מדרכי התורה שכל מעשיה נס בתוך נס, תסיר הנזק במזיק ותרפא החולי במחלה… וידוע מדרכי הרפואות, שכל נשוכי בעלי הארס יסתכנו בראותם אותם או בראות דמותם, עד כי נשוכי הכלב השוטה וכן שאר הבהמות השוטות אם יביטו במים יראה להם שם בבואת הכלב או המזיק וימותו, כמו שכתוב בספרי הרפואות …וכשיהיה כל זה כך, ראוי היה לישראל נשוכי הנחשים השרפים שלא יראו נחש ולא יזכרו ולא יעלו על לב כלל, וצוה הקב"ה למשה לעשות להם דמות שרף, הוא הממית אותם".
לדעת הרמב"ן, הקב"ה ביקש לרפא את ישראל דווקא בדרך הסותרת את המדע הרפואי של אותה תקופה. דווקא הנחש הממית שיש להרחיק את החולה ממנו הוא זה שירפא.
לעומתו הרש"ר הירש סבור, שמדובר בהליך טבעי. באמצעות נחש הנחושת הכירו ישראל את ההנהגה הנסית של הקב"ה בשגרה. לדעתו הקב"ה לא עשה כאן מעשה היוצא מגדר הטבע ולא ברא נחשים יש מאין. הקב"ה אסף את כל הנחשים, שהיו במדבר ושילח אותם בישראל. בדרך זו למד העם, שהכל תחת השגחתו יתברך. גם כאשר ההליכה במדבר נראית טבעית, ביטחונו של העם מוענק על ידי הקב"ה. לאחר שהנחשים פגעו בישראל, נוצרה הזדמנות חינוכית להרגיל את העם למחשבה שונה. העם שהורגל בניסים גלויים, נדרש להבין שהנהגתו של הקב"ה היא גם במה שסמוי מהעין. הנשוך שרואה את הנחש מולו, זוכר שהקב"ה שומר עליו בכל רגע ורגע. וכך כותב הרש"ר הירש:
"כך ירגיש תמיד בקיומן של הסכנות שהגנת ה' מעבירה אותנו על פניהן, בכל יום ובכל שעה, בלא שנהיה מודעים להם. ונמצא, שכל נשימה בחיינו תהיה מתנת ה' וטובו ונהיה בכל עת נצולים".
העם נדרש באמצעות נחש הנחושת להכיר בהשגחה שקיימת בשגרה. התעלמות מכך, היא החטא. ישראל התריסו כלפי שמיא משום שלא הבחינו בנסים התמידיים שאירעו להם בעת שהלכו במדבר. חלפו ארבעים שנות נדודים במדבר ולא מצאנו בתורה עדות להכרת הטוב. העם שאינו מסוגל להכיר טובה, לעולם לא יהיה שבע רצון. לכן היה צורך במכה שתעורר את העם לחשיבה. נשיכת הנחשים פגעה באגו של העם ובכך נסללה הדרך לעמוד בכפיפות ובענווה לפני הקב"ה וכדברי המשנה: "וכי נחש ממית או נחש מחיה אלא בזמן שישראל מסתכלין כלפי מעלה ומשעבדין את לבם לאביהן שבשמים היו מתרפאים ואם לאו היו נימוקים" זה היה אחד הרגעים המכוננים ביותר של העם במדבר ולאחר אותה חוויה עמדו ישראל שרו ושבחו את הקב"ה: " אָז יָשִׁיר יִשְׂרָאֵל אֶת הַשִּׁירָה הַזֹּאת עֲלִי בְאֵר עֱנוּ לָהּ". כך גם בימינו, אחד הכשלים המוסריים והשכיחים ביותר הוא ייחוס יד המקרה לשגרת חיינו במקום ליחסה להנהגה הנסית של הבורא. דווקא בעידן המודרני, בשעה שהמדע מצוי בשיא תפארתו עלולים אנו להזדהות יותר מתמיד עם החשש "כוחי ועוצם ידי" . מי שמתבונן לעומק יגיע להכרה, שכל נשימה שאנו נושמים וכל תנועה של גופנו, היא מתנת בורא עולם. היהדות מקדשת את ערך הכרת הטוב בברכת "מודים אנחנו לך… על נסיך שבכל יום". זו הברכה היחידה בתפילת העמידה שאין אנו מסתפקים באמירת אמן, אלא אנו אומרים ברכה זו במלואה החזן והקהל יחדיו מתוך הכרת הטוב לבורא עולם.